電車、バスでお越しの場合
北山門へは​京都市営地下鉄「北山駅」下車3番出口すぐ
正門へは「北大路駅」下車3番出口から東へ徒歩約10分
京阪「出町柳駅」からは京都市バス1系統または京都バス「静原」「市原」行きの「植物園前」バス停で下車徒歩約5分
 

自動車でお越しの場合
名神高速道路京都南IC又は京都東ICから京都市内北山方面へ約30分
カーナビ検索は「京都府立植物園駐車場」が便利です。
※植物園に併設の駐車場（最大150台）へは北大路橋（北大路通）東詰の信号交差点を北にお進みください。正門ロータリー東側にございます。
※身体障害者手帳・精神障害者保健福祉手帳・療育手帳等を所持する方は、障害者手帳等を提示で駐車場使用料無料になります。
 

自転車・バイクでお越しの場合
正門・北山門・賀茂川門には自転車、バイクともに駐輪可能です。​
北泉門にはバイクは駐輪できません。